Museo de Sitio Castillo de Niebla es una institución que forma parte de la Dirección de Bibliotecas, Archivos y Museos (Dibam), organismo público de larga data dependiente del Ministerio de Educación, hoy Servicio Nacional del Patrimonio Cultural. Como parte de sus tareas, debe velar por el cumplimiento de los estándares que permitan una preservación adecuada de los restos arqueológicos, su almacenamiento eficiente y la recopilación de la información necesaria tanto para su documentación y registro como para un adecuado manejo de las colecciones en depósito.

Los primeros hallazgos de la colección del Museo de Sitio datan de 1992-1993 y 1995, en el marco del rescate de objetos arqueológicos gestionado por la investigadora Marijke Van Meurs, actual directora del Museo de Ancud, quien junto a un equipo de estudiantes de la Escuela de Antropología de la Universidad Austral de Chile, realizaron excavaciones sistemáticas que permitieron relevar de manera científica estructuras invisibles, como la cocina, rescatando inédita información sobre el contacto entre españoles y población mapuche inserta al interior del Castillo como de las formas de vida de los presidiaros que construyeron esta enorme obra.

Fue en este tiempo que la Dibam gestionó, en 40 años de una total falta de investigación luego del trabajo del fotógrafo Roberto Montandón en los años '50, un plan integral para la puesta en valor del Monumento, reconstruyendo la Casa del Castellano para albergar la exhibición permanente, parte de los merlones de la batería y sus cureñas, construyendo el edificio administrativo y asignando un espacio para la venta del Sindicato de Artesanos de Niebla, todo esto con aportes del Proyecto V Centenario, del Gobierno de Chile y España. Este trabajo arqueológico, dio como resultado la obtención de más de 8 mil fragmentos de piezas cerámicas, metálicas, restos óseos, malacológicos y bioantropológicos contextualizados en el período colonial, como también una revisión de los antecedentes que han sido planteados por la historiografía oficial acerca del contacto conflictivo entre españoles y mapuche, lo que nos recuerda lo único y especial de la historia de Valdivia.

Posteriormente, el material arqueológico sirvió de base para generar una museografía, la cual fue renovada durante los años 2003 al 2007. Paralelamente, la Dibam financió un Proyecto Piloto de Turismo Cultural, donde se investigó y difundió en la comunidad de Niebla el valor histórico y ecológico del estero La Huairona, en cuyas cercanías el ingeniero Juan Garland estableció una gran fábrica de ladrillos durante el siglo XVIII, complementaria a las Fábricas Reales de la Isla Teja.

La actual museografía, "Los Castillos del Fin del Mundo", presenta una polifonía de voces de época apoyada en láminas de gran tamaño y vitrinas que documentan las formas de vida a partir de la colección arqueológica. En esta muestra se comprende que el valor no está dado por la espectacularidad de una pieza fuera de contexto sino por los pequeños fragmentos resultantes del trabajo metódico del investigador científico que a través de cuadrículas y niveles nos aproxima a los objetos socialmente significativos.

Hacia el 2004, un profundo socavón bajo la batería obligó al cierre del ingreso al público, la masiva visita de más de 100 mil personas junto a condiciones geográficas, hicieron necesario estudios que permitieran velar por la integridad del Monumento y la seguridad de quienes son nuestros usuarios.

Así, durante el 2009, se realizaron prospecciones submarinas a cargo de Arka S.A. Consultores. Un equipo de arqueólogos encabezados por Nuriluz Hermosilla y Francisco Bahamondes aportó interesante material y, sobre todo, observaciones en relación a las actividades realizadas en el entorno inmediato al Castillo, como muelles tallados en la cancagua y muros caídos. El rango de fechas obtenidas en 5 muestras cerámicas provenientes de sondeos arqueológicos oscila entre 1600±40 y 1805±20 d.C.

Entre 2013 y 2014, a partir de la restauración realizada al Museo por el MOP, los arqueólogos Simón Urbina y Carolina Lema, entre otros profesionales, rescataron 14 mil fragmentos de distinta índole, entre las que destacan cerámica mapuche del tipo Tringlo, roja con líneas blancas, exclusiva de la zona de Lago Ranco en el siglo 17-18, la cerámica roja sobre blanco llamada Valdivia, con fechado desde el siglo 15 y cerámica española Mayólica, donde destaca el tipo Panamá, fechada entre el siglo 16 y 1671. Asimismo, se detectaron dentro de este conjunto cerámicas de tradición europea y asiática, como fragmentos de porcelana china provenientes de la dinastía Ming. El aporte de los estudios arqueológicos efectuados durante la última restauración permitió identificar aspectos centrales de la composición y originalidad del piso del Castillo y del muro sur. Tal vez lo que más ha llamado la atención de esta etapa es el descubrimiento de cerámica comestible, dato que se encontraba documentado en la crónica de Martínez de Bernabé.

Este año 2015, la Dibam a través de un Proyecto Fodim, Fondo de Desarrollo Institucional de Museos, de la Subdirección Nacional de Museos, se ha abocado a ordenar y uniformar estas 3 etapas de investigación. Se habilitó el depósito arqueológico donde se resguarda el material encontrado, generando también una base de datos unificada, la que se ajusta a los estándares de la Dibam, lo que permitirá su inclusión futura en el Sistema Unificado de Registro (Surdoc). Con el objetivo de acceder de manera más segura y expedita a las colecciones es que se está efectuando una normalización de embalajes los que debidamente etiquetados permitirán un mejor acceso y manipulación de la colección. El proyecto consideró además capacitaciones en manejo de colecciones, las que se realizaron en el depósito arqueológico del Museo para todos sus funcionarios. A esta capacitación se suman tres talleres para los niños de la Escuela Juan Bosch de Niebla. El proyecto Fodim está a cargo de la profesional de vasta experiencia Florencia Aninat, contratada vía licitación pública, quien con un trabajo sistemático ha permitido poner en marcha los pasos para un trabajo organizado que abra las puertas a futuros investigadores de nuestra historia local.

El estudio de esta colección permite una mayor comprensión del complejo sistema de intercambio y contacto cultural ejercido en la época colonial. Así pues, la colección arqueológica del Museo de Sitio Castillo de Niebla posee un enorme potencial de investigación para la historia de Valdivia y de las fortificaciones españolas del continente americano.